研究所成立於1997年，是深圳證券交易所設立的高層次證券研究專門機構，設有國內證券業成立最早、規模最大的博士後工作站和國內第一份證券類專業理論期刊《證券市場導報》。

深交所研究所以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，緊緊圍繞打造安全、規範、透明、開放、有活力、有韌性的資本市場，聚焦建設世界一流交易所中心工作，堅守資本市場工作的政治性、人民性，以防風險、強監管、促高質量發展為主線，致力於開展基礎性、前瞻性和戰略性重大課題研究，注重調查研究、實證研究和理論研究，深挖第一性原理，依托交易所在數據、渠道等方面的獨特資源和平臺優勢，經過長期積累、跟蹤研究，逐步形成一批研究細分領域中的專長和品牌性研究成果，在業界具有廣泛影響，為監管部門制定政策和決策、進行制度和産品創新、加強公司和市場監管提供重要參考。從多層次市場體系到多元化産品體系，從股權分置改革到注冊制改革，資本市場的每一次重大改革發展，均有重要研究報告作為決策支持。

深交所研究所累計承擔十余項國家自然科學基金課題、近百項中國博士後科學基金課題，研究成果在《經濟研究》《金融研究》《管理世界》、Journal of Financial Economics、Journal of Econometrics等境內外一流期刊發表。2001年起，深交所研究所先後四次獲得中央金融工委授予的“青年文明號”稱號。

深交所博士後工作站成立於1999年，截至2024年底，已累計招收了25批共225名博士後，為我國經濟金融領域培養了大量的理論和實踐人才。2010年、2015年兩度被國家人力資源社會保障部和全國博士後管理委員會評為“全國優秀博士後科研工作站”。

《證券市場導報》辦刊始終站在證券金融理論和實踐的前沿，逐步發展成為國內證券研究領域的前沿期刊、連接學界與業界的學術交流平臺，多次榮獲廣東省優秀社會科學期刊獎，2001年被國家新聞出版署選入中國期刊方陣“雙效”期刊陣列，持續入選北大《中文核心期刊要目總覽》、中國人文社會科學期刊AMI綜合評價（A刊）核心期刊、中文社會科學引文索引（CSSCI）經濟學來源期刊等國內重要核心期刊或來源期刊目錄。